最早是因为锡尔河的注入.在四五千年前,阿姆河转变流向,改为注入咸海,湖面水位因而上涨了40米. 　　在3000至3500年前,水开始从大咸海湖溢流出来,向西南经过乌兹博伊河流入里海.这种外流使得咸海的水位下降了15米左右,稳定在58m.a.s.l.之后,咸海向乌兹博伊河的流动减少了,直到最终完全停止.卡瓦索夫和马梅多夫（1991）认为乌兹博伊河的完全干涸不只是气候变化造成的,人类的活动也难咎其责.他们还认为人类活动（通过灌溉的发展表现出来）对于将咸海流域分成咸海、花拉子模和萨雷卡梅什湖进程的影响远远大于通常人们所设想的. 　　古时,居住在花拉子模的人们影响着阿姆河流入咸海和萨雷卡梅什湖的水量.居民可以影响河流或流入咸海,或流入萨雷卡梅什湖,或同时流入这两个蓄水区.在后一种情况下,人们也可以调节流入每个湖中的水量.阿姆河流量的控制只能在社会的相对稳定下得到支持. 　　公元400年,当时的灌溉使得咸海干涸的程度要远远大于20世纪末!在那个时代,由于人类的努力,萨雷卡梅什湖得到的水量甚至要大于咸海的部分,而也有水经由乌兹博伊河流入里海.灌溉的重大发展导致了地区水资源的枯竭和灌溉土地的盐碱化.灌溉同样也造成环境健康的严重退化,加上经济和政治-军事等原因,致使咸海发生了第一次生态危机.第一次生态危机的原因和后果表明在盐碱化的条件下,灌溉可能带来的负面效应.环境健康的退化古中亚文明的衰败. 　　大约450年前,又是由于农业灌溉的重大发展,咸海水位再次下降.这种人为造成的河水干涸程度比四世纪要轻,不过可以与今天的影响相提并论了.在这一时期,萨雷卡梅什湖再次充满了大量的水（但是比四世纪要少）,也没有经过乌兹博伊河的剩余水.中世纪咸海的干涸可以被看作是第二次“生态危机”.第一次和第二次咸海生态危机表明水资源对于维护环境健康是非常重要的. 　　与公元四世纪和十五世纪的危机相比,第三次“生态危机”被证明可能是最具破坏性的.20世纪的生态危机是由于巨大的化学污染造成的.这些污染主要包括矿物肥料、杀虫剂、除草剂、落叶剂和许多其它农业、工业、家庭甚至军用化学污染物质.很明显,20世纪的环境健康已经越来越依赖于水质,而且在21世纪,中亚地区如何获得清洁水已经变成最重要的事情了.